Peraturan Wali Kota (Perwali) Nomor 20 Tahun 2016 tentang Susunan Organisasi dan Tata Kerja (SOTK) Sekretariat Daerah (SETDA) Kota Samarinda mengatur struktur organisasi, tugas, fungsi, serta tata kerja di lingkungan Sekretariat Daerah. Perwali ini bertujuan untuk mengoptimalkan kinerja SETDA dalam mendukung jalannya pemerintahan daerah, baik dari aspek koordinasi, administrasi, maupun pelayanan publik. Dengan adanya SOTK yang jelas, diharapkan setiap unit kerja di SETDA dapat berfungsi lebih efektif, selaras dengan peran dan tanggung jawab masing-masing, guna memperkuat tata kelola pemerintahan yang transparan, efisien, dan responsif terhadap kebutuhan masyarakat.